El museo cuenta con tres acuarios, donde se pueden observar ejemplares de la fauna marina de la zona, y cuatro paneles con imágenes que ayudan a identificar los más frecuentes ejemplares de la fauna ictícola costera.
El Museo Municipal de Ciencias Naturales participó activamente en un proyecto de investigación del Caballito de Mar, junto con el Museo de Ciencias, de Mar del Plata, “Lorenzo Scaglia” y científicos de San Antonio Oeste.
El Dr. en biología Diego Cesar Luzzatto, de San Antonio Oeste, se hizo presente en nuestra ciudad, para observar los ejemplares existentes en el Museo, y dar al personal las directivas correspondientes para su mejor cuidado y alimentación en los acuarios.